Bảo Mẫu Bí Mật Của Tiểu Thư kể về Itsuki Shirasagi, một nam sinh bình thường trúng tuyển vào Học viện Saiko danh giá dành cho giới siêu giàu. Tại đây, cậu tình cờ phát hiện ra bí mật của Hinako Konohana — nàng tiểu thư hoàn hảo, thiên tài của trường nhưng thực chất lại cực kỳ vụng về, bừa bộn và không thể tự chăm sóc bản thân khi ở nhà. Để giúp cô che giấu khuyết điểm, Itsuki bất đắc dĩ trở thành "bảo mẫu bí mật" chăm lo cho cuộc sống thường ngày của Hinako. Từ đó, câu chuyện tình yêu học đường ngọt ngào, hài hước và đầy rắc rối giữa cả hai chính thức bắt đầu.